Abstracts
De complexe genetica van psychiatrische ziekten
Dr. Philip Jansen, Klinisch Geneticus en Assistant Professor, AmsterdamUMC
Dr. Arjan Buijs, Laboratoriumspecialist Klinische Genetica (LSKG), UMCGroningen
OGM in CML; OMG, what a mess(enger)!
Optical Genome Mapping (OGM) is een hoog resolutie genoombrede analyse waarbij middels duizenden labels verspreid over het genoom structurele, numerieke en copy-number neutrale veranderingen aangetoond kunnen worden. Middels software analyse wordt voor elk label, waarvan de exacte locatie op het normale genoom bekend is, bepaald waar deze zich bevindt in het (mogelijk afwijkend) DNA verkregen uit het te onderzoeken weefsel (mapping). De techniek combineert daarmee als het ware klassieke karyotypering en SNP array analyse in een enkele bepaling.
Binnen de Afdeling Genetica, sectie Genoomdiagnostiek van het UMC Groningen wordt OGM analyse gebruikt als eerste keuze van onderzoek op beenmerg of bloed bij patiënten met hematologische maligniteiten.
Chronische myeloide leukemie (CML) is een hematologische maligniteit, die ontstaat in een stamcel in het beenmerg. Een translocatie tussen een chr.9 en een chr.22 is in hoge mate karakteristiek voor CML. Hierbij treedt er een breuk op in het ABL1 gen op chr.9 en het BCR gen op chr.22. Door deze translocatie, de zgn. Philadelphia translocatie, ontstaat een BCR::ABL1 fusie gen, dat leidt tot een fusie messenger RNA, en vervolgens weer een BCR:ABL1 fusie eiwit. Dit fusie eiwit draagt eraan bij dat de stamcel waarin dit fusie product ontstaan is ontaardt in een leukemische cel die uiteindelijk uitgroeit tot een klinische manifeste CML. De identificatie van een t(9;22) BCR::ABL1 genherschikking is van belang voor therapie-keuze, en daarmee voor een gunstige prognose van de ziekte.
Van het BCR:ABL1 messenger RNA is doorgaans goed bekend waar beide delen aan elkaar fuseren. Maar is dat op genomisch niveau in beide chromosomen ook het geval? De met OGM geïdentificeerde breukpunten bij een aantal patiënten met CML zullen worden besproken om deze vraag te beantwoorden.
(ultra)snelle tumorclassificatie met behulp van AI
De moleculaire diagnostiek van kinderkanker is complex: er zijn veel verschillende, vaak zeer zeldzame tumortypen en voor een optimale behandeling is steeds meer moleculaire informatie nodig. Whole genome sequencing en methylatieprofilering spelen daarom een belangrijke rol binnen de geïntegreerde diagnostiek.
Nieuwe sequencingtechnologieën bieden mogelijkheden om deze diagnostiek sneller en eenvoudiger te maken. Met Oxford Nanopore sequencing kan DNA tijdens het sequencen direct worden geanalyseerd, waardoor al met zeer weinig data betrouwbare tumorclassificatie mogelijk is. In het Prinses Máxima Centrum zijn hiervoor verschillende toepassingen ontwikkeld.
De volgende stap is om naast classificatie ook andere diagnostisch relevante afwijkingen, zoals aneuploïdie, structurele varianten en mutaties, uit dezelfde Nanopore-meting te bepalen. Daarmee ontstaat de mogelijkheid van één snelle en schaalbare moleculaire test die verschillende conventionele diagnostische technieken kan aanvullen of uiteindelijk kan vervangen.
Dr. Bastiaan Tops, Hoofd van het Diagnostisch Lab voor kinderoncologie, Prinses Maxima Centrum Utrecht.
Ivonne Bressers, oud voorzitter stichting Ushersyndroom en patiënt.
Prof. Dr. Ronald Pennings, Afdelingshoofd Otorhinolaryngologie (KNO), Radboudumc.
Kies je voor doof of blind? Ik kan niet kiezen, want door Ushersyndroom word ik doof én blind
USHERSYNDROOM: TWEE PERSPECTIEVEN, ÉÉN VERHAAL
Wanneer wordt een genetische bevinding een diagnose? En wat gebeurt er daarna?
In deze duo-presentatie gaan KNO-arts Ronald Pennings en patiënt Ivonne Bressers met elkaar in gesprek over Ushersyndroom. Door elkaar vragen te stellen, doorlopen zij samen het traject van genetische diagnostiek: van DNA en het vinden van een genetische oorzaak, via het stellen en vertellen van de diagnose, naar de gevolgen die zo’n diagnose kan hebben voor de patiënt en diens familie.
Een diagnose geeft duidelijkheid, maar roept vaak ook nieuwe vragen op. Hoe vertel je iemand dat hij of zij een progressieve erfelijke aandoening heeft en langzaam doof én blind zal worden? Wat betekent dat voor de patiënt zelf, maar ook voor ouders, kinderen, broers en zussen? En verandert een diagnose de manier waarop je naar de toekomst kijkt?
Daarna begint het leven met de diagnose. Wat betekent het om te leven met een aandoening waarbij horen en zien steeds verder achteruitgaan? Welke keuzes maak je rond behandeling en hulpmiddelen, zoals bijvoorbeeld een cochleaire implantaten? En wat doet het met je wanneer niet alle vragen te beantwoorden zijn?
Tegelijkertijd staat de ontwikkeling niet stil. Wat betekenen nieuwe ontdekkingen van pathogene mutaties en nieuwe kennis over het DNA voor mensen met Ushersyndroom? Kunnen we de progressie van horen en zien afremmen of zelfs stoppen, of is dat nog verre toekomstmuziek? En welke rol kunnen genetici, artsen, onderzoekers én patiënten daarin spelen?
Ronald en Ivonne nemen de zaal mee langs verschillende momenten in dit traject. Niet alleen vanuit het perspectief van de zorgprofessional of van de patiënt, maar vanuit beide kanten. Want wat heeft een arts nodig om een patiënt goed te kunnen begeleiden? En wat doe je als arts wanneer je niet alle vragen van een patiënt kunt beantwoorden? Kan een patiënt een rol spelen bij het ontrafelen van de ziekte?
Een gesprek over DNA, diagnose, de impact ervan op een leven en de hoop die nieuwe kennis en ontwikkelingen voor de toekomst kunnen bieden.
Van Volendam naar de Faeröer eilanden; dragerschapsscreening in genetisch geïsoleerde gemeenschappen
In genetisch geïsoleerde gemeenschappen kunnen bepaalde zeldzame erfelijke aandoeningen relatief vaak voorkomen, doordat specifieke pathogene foundervarianten binnen de populatie een hoge dragerschapsfrequentie hebben.
In Volendam hebben we in 2012 een dragerschapsscreening opgezet voor vijf ernstige autosomaal recessieve aandoeningen. De belangstelling voor deze screening bleek groot: naar schatting laat meer dan 90% van de doelgroep zich testen. In de afgelopen jaren zijn meerdere dragerparen gevonden en worden er vrijwel geen kinderen meer geboren met de aandoeningen waarop wordt getest.
De ervaringen in Volendam bleken ook relevant voor een andere geïsoleerde populatie: de Faeröer eilanden, een archipel van 18 eilanden in de noordelijke Atlantische Oceaan, tussen Schotland en IJsland. Samen met lokale betrokkenen werd onderzocht welke aandoeningen en varianten voor screening in aanmerking komen, hoe een lokaal uitvoerbare DNA-test kan worden ingericht en hoe de bevolking tegenover dragerschapsscreening en de daaruit voortkomende reproductieve opties staat.
De reis voert in deze presentatie van Volendam naar de Faeröer-eilanden. Daarbij laat ik zien hoe de ervaringen met dragerschapsscreening in Volendam kunnen bijdragen aan de ontwikkeling van een screeningsprogramma op de Faeröer eilanden.
Dr. Inge Mathijssen, Klinisch Geneticus, AmsterdamUMC.
Dr. Mark Drost, Laboratoriumspecialist Humane Genetica, ErasmusMC
Long-read nanopore sequencing in de klinisch genetische praktijk: Van supersnelle tot supercomplexe (repeat-)diagnostiek
Onze genoomdiagnostiek gaat hard vooruit, en toch blijft na regulier onderzoek meer dan de helft van de mensen met een zeldzame ziekte zonder diagnose. Short-read genoomsequencing was lang de standaard, maar is blind voor bepaalde delen van het genoom en bovendien traag. Precies daar komt long-read genoomsequencing in beeld.
Bij het ErasmusMC maken we gebruik van long-read nanopore sequencing, wat niet alleen een beter beeld van het genoom geeft, maar wat ook nog supersnel is. Bij spoed betekent dat een genetische diagnose binnen enkele dagen, in plaats van weken. Denk aan een ernstig ziek pasgeboren kind op de IC, waar een snelle genetische diagnose direct beleid kan veranderen: wel of niet doorbehandelen, gericht behandelen, of ouders eindelijk duidelijkheid geven. Juist daar maakt het verschil dat we niet eerst een keten van losse testen hoeven af te werken, maar in één keer breed naar het genoom kijken.
Diezelfde techniek blinkt óók uit in het moeilijkste werk: repeat-expansies. Die lange, herhalende stukken DNA – de oorzaak van ziekten als Friedreich ataxie en FTD/ALS – lezen we nu in één keer volledig uit: lengte, opbouw, onderbrekingen en verschillen tussen cellen. Dit maakt long-read nanopore sequencing bij uitstek geschikt voor de genetische diagnostiek voor bewegingstoornissen en neurodegeneratie.
Aan de hand van casuïstiek neem ik jullie mee in hoe wij long-read nanopore sequencing op het Erasmus MC hebben opgetuigd – van de keuzes op de labvloer tot de valkuilen onderweg – en wat die combinatie van snelheid én diepgang uiteindelijk betekent voor de patiënt: sneller duidelijkheid, een scherpere diagnose en eerder de juiste zorg.
De Mooiste Taal
Muzikale keynote over de kunst van elkaar verstaan
Wat heeft muziek te maken met het dagelijks werk van analisten? Meer dan je denkt.
Tijdens deze muzikale keynote neemt pianist Nicolaas Duin je mee in een verrassend verhaal over samenwerken, luisteren, afstemmen en omgaan met verandering. Want spreken we eigenlijk wel dezelfde taal? Begrijpen we elkaar? En spelen we samen hetzelfde liedje? Met live piano als middel om anders te kijken naar de uitdagingen van het vak en naar elkaar.
Verwacht herkenning, verrassende inzichten, interactie en natuurlijk wordt er ook veel gelachen. Een keynote die resoneert…
Nicolaas Duin, muzikaal spreker